MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc2

Total Repeats: 195

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015853	TCG	2	6	689	694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783923
2	NC_015853	CCAGC	2	10	721	730	20 %	0 %	20 %	60 %	340783923
3	NC_015853	CAG	2	6	754	759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783923
4	NC_015853	ACG	2	6	854	859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783923
5	NC_015853	TGC	2	6	1224	1229	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783924
6	NC_015853	GTT	2	6	1249	1254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783924
7	NC_015853	CTG	2	6	1265	1270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783924
8	NC_015853	GGT	2	6	1300	1305	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783924
9	NC_015853	CAT	2	6	1310	1315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783924
10	NC_015853	GCC	2	6	1323	1328	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783924
11	NC_015853	TGG	2	6	1392	1397	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783924
12	NC_015853	AGT	2	6	1408	1413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783924
13	NC_015853	GT	3	6	1425	1430	0 %	50 %	50 %	0 %	340783924
14	NC_015853	GGC	2	6	1442	1447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783924
15	NC_015853	CGA	2	6	1468	1473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783924
16	NC_015853	TGC	2	6	1527	1532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783924
17	NC_015853	GGT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783924
18	NC_015853	GGC	2	6	1649	1654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783924
19	NC_015853	ATCC	2	8	1683	1690	25 %	25 %	0 %	50 %	340783924
20	NC_015853	CTG	2	6	2370	2375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783925
21	NC_015853	GGT	2	6	2378	2383	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783925
22	NC_015853	GGA	2	6	2384	2389	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783925
23	NC_015853	CTGG	2	8	2410	2417	0 %	25 %	50 %	25 %	340783925
24	NC_015853	GCGG	2	8	2437	2444	0 %	0 %	75 %	25 %	340783925
25	NC_015853	CCT	2	6	2535	2540	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783925
26	NC_015853	GAA	2	6	2572	2577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783925
27	NC_015853	CGA	2	6	2583	2588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783925
28	NC_015853	GTGTCT	2	12	2896	2907	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	340783926
29	NC_015853	AGG	2	6	2951	2956	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783926
30	NC_015853	AGG	2	6	3007	3012	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783926
31	NC_015853	GCT	2	6	3040	3045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783926
32	NC_015853	GCG	2	6	3061	3066	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783926
33	NC_015853	TGC	2	6	3077	3082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783926
34	NC_015853	GC	3	6	3081	3086	0 %	0 %	50 %	50 %	340783926
35	NC_015853	GGC	2	6	3150	3155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783926
36	NC_015853	CGAT	2	8	3196	3203	25 %	25 %	25 %	25 %	340783926
37	NC_015853	CG	3	6	3467	3472	0 %	0 %	50 %	50 %	340783927
38	NC_015853	TGC	2	6	3478	3483	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
39	NC_015853	CGG	2	6	3529	3534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
40	NC_015853	GCG	2	6	3558	3563	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
41	NC_015853	GGT	2	6	3566	3571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
42	NC_015853	CTT	2	6	3574	3579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783927
43	NC_015853	CCTG	2	8	3590	3597	0 %	25 %	25 %	50 %	340783927
44	NC_015853	GCC	2	6	3633	3638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783927
45	NC_015853	GCG	2	6	3710	3715	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
46	NC_015853	GAG	2	6	3766	3771	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783927
47	NC_015853	TCC	2	6	3790	3795	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783927
48	NC_015853	GCT	2	6	3818	3823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
49	NC_015853	ACG	2	6	3856	3861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
50	NC_015853	CGG	2	6	3891	3896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
51	NC_015853	GCG	2	6	3897	3902	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
52	NC_015853	GGT	2	6	3977	3982	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
53	NC_015853	GT	3	6	4031	4036	0 %	50 %	50 %	0 %	340783927
54	NC_015853	GCG	2	6	4070	4075	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
55	NC_015853	GGC	2	6	4124	4129	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
56	NC_015853	CGG	2	6	4150	4155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
57	NC_015853	CCGG	2	8	4163	4170	0 %	0 %	50 %	50 %	340783927
58	NC_015853	TGG	2	6	4261	4266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
59	NC_015853	GGC	2	6	4274	4279	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
60	NC_015853	CG	3	6	4334	4339	0 %	0 %	50 %	50 %	340783927
61	NC_015853	GGC	2	6	4364	4369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
62	NC_015853	AGCC	2	8	4388	4395	25 %	0 %	25 %	50 %	340783927
63	NC_015853	GGATG	2	10	4409	4418	20 %	20 %	60 %	0 %	340783927
64	NC_015853	GGGCC	2	10	4457	4466	0 %	0 %	60 %	40 %	340783927
65	NC_015853	AGG	2	6	4474	4479	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783927
66	NC_015853	GCG	3	9	4511	4519	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
67	NC_015853	GGC	2	6	4520	4525	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
68	NC_015853	GGC	2	6	4570	4575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
69	NC_015853	GGC	2	6	4586	4591	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
70	NC_015853	CT	3	6	4592	4597	0 %	50 %	0 %	50 %	340783927
71	NC_015853	GGC	2	6	4598	4603	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
72	NC_015853	CGCTTG	2	12	4617	4628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
73	NC_015853	AGC	2	6	4663	4668	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
74	NC_015853	GGA	2	6	4715	4720	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783927
75	NC_015853	CGG	2	6	4761	4766	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
76	NC_015853	CGT	2	6	4769	4774	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
77	NC_015853	GCG	2	6	4802	4807	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
78	NC_015853	GGAGCG	2	12	4847	4858	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	340783927
79	NC_015853	CGG	2	6	4990	4995	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
80	NC_015853	GAT	2	6	5024	5029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783927
81	NC_015853	TCTT	2	8	5107	5114	0 %	75 %	0 %	25 %	340783927
82	NC_015853	GGA	2	6	5147	5152	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783927
83	NC_015853	GAGC	2	8	5178	5185	25 %	0 %	50 %	25 %	340783927
84	NC_015853	TGG	2	6	5191	5196	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
85	NC_015853	AGC	2	6	5197	5202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
86	NC_015853	GTGG	2	8	5267	5274	0 %	25 %	75 %	0 %	340783927
87	NC_015853	GCGG	2	8	5306	5313	0 %	0 %	75 %	25 %	340783927
88	NC_015853	GATG	2	8	5335	5342	25 %	25 %	50 %	0 %	340783927
89	NC_015853	GAC	2	6	5343	5348	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
90	NC_015853	AAG	2	6	5373	5378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783927
91	NC_015853	TGA	2	6	5510	5515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783927
92	NC_015853	TCA	2	6	5602	5607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783927
93	NC_015853	CGT	2	6	5619	5624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
94	NC_015853	GCCCT	2	10	5755	5764	0 %	20 %	20 %	60 %	340783927
95	NC_015853	ATC	2	6	5803	5808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783927
96	NC_015853	GCGG	2	8	5810	5817	0 %	0 %	75 %	25 %	340783927
97	NC_015853	GGT	2	6	5819	5824	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
98	NC_015853	ATC	2	6	5976	5981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783927
99	NC_015853	GCA	2	6	6008	6013	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
100	NC_015853	CGG	2	6	6306	6311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783928
101	NC_015853	CAC	2	6	6319	6324	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783928
102	NC_015853	GGC	2	6	6338	6343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783928
103	NC_015853	TCC	2	6	6368	6373	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783928
104	NC_015853	TGT	2	6	6378	6383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783928
105	NC_015853	CA	3	6	6386	6391	50 %	0 %	0 %	50 %	340783928
106	NC_015853	GCG	2	6	6431	6436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783928
107	NC_015853	GGTA	2	8	6452	6459	25 %	25 %	50 %	0 %	340783928
108	NC_015853	ACC	2	6	6485	6490	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783928
109	NC_015853	TTG	2	6	6539	6544	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783928
110	NC_015853	GCA	2	6	6585	6590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783928
111	NC_015853	ACGGC	2	10	6678	6687	20 %	0 %	40 %	40 %	340783928
112	NC_015853	CAG	3	9	6691	6699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783928
113	NC_015853	GCG	2	6	6716	6721	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783928
114	NC_015853	T	6	6	7340	7345	0 %	100 %	0 %	0 %	340783929
115	NC_015853	CCT	2	6	7418	7423	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783929
116	NC_015853	CCT	2	6	7472	7477	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783929
117	NC_015853	CCTG	2	8	8368	8375	0 %	25 %	25 %	50 %	340783930
118	NC_015853	CCA	2	6	8428	8433	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783930
119	NC_015853	GCC	2	6	8439	8444	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783930
120	NC_015853	AAT	2	6	8484	8489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783930
121	NC_015853	CCG	2	6	8507	8512	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783930
122	NC_015853	GTT	2	6	8520	8525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783930
123	NC_015853	TAG	2	6	8536	8541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783930
124	NC_015853	CAT	2	6	8573	8578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783930
125	NC_015853	GTT	2	6	8589	8594	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783930
126	NC_015853	CTC	2	6	8740	8745	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783930
127	NC_015853	ATG	2	6	8788	8793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783930
128	NC_015853	CAA	2	6	8913	8918	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783930
129	NC_015853	TGC	2	6	9158	9163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783930
130	NC_015853	TGCT	2	8	9190	9197	0 %	50 %	25 %	25 %	340783930
131	NC_015853	ACC	2	6	9330	9335	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783930
132	NC_015853	GCA	2	6	9361	9366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783930
133	NC_015853	TGT	2	6	9386	9391	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783930
134	NC_015853	GCC	2	6	9406	9411	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783930
135	NC_015853	CCA	2	6	9505	9510	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783930
136	NC_015853	ACAGG	2	10	9530	9539	40 %	0 %	40 %	20 %	340783930
137	NC_015853	GCT	2	6	9558	9563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783930
138	NC_015853	GGC	2	6	9564	9569	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783930
139	NC_015853	ATG	2	6	9589	9594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783930
140	NC_015853	TTC	3	9	9622	9630	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783930
141	NC_015853	AGA	2	6	10255	10260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783931
142	NC_015853	GGA	2	6	10319	10324	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783931
143	NC_015853	TGAT	2	8	10390	10397	25 %	50 %	25 %	0 %	340783931
144	NC_015853	CAG	2	6	10403	10408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783931
145	NC_015853	GAC	2	6	10463	10468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783931
146	NC_015853	T	6	6	10478	10483	0 %	100 %	0 %	0 %	340783931
147	NC_015853	GCC	2	6	10557	10562	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783931
148	NC_015853	TGA	2	6	10597	10602	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783931
149	NC_015853	AG	3	6	10656	10661	50 %	0 %	50 %	0 %	340783931
150	NC_015853	TTG	2	6	10828	10833	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783932
151	NC_015853	ACC	2	6	10866	10871	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783932
152	NC_015853	GC	3	6	10899	10904	0 %	0 %	50 %	50 %	340783932
153	NC_015853	GGC	2	6	10961	10966	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783932
154	NC_015853	GTG	2	6	10995	11000	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783932
155	NC_015853	TTC	2	6	11032	11037	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783932
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157	NC_015853	C	6	6	11075	11080	0 %	0 %	0 %	100 %	340783932
158	NC_015853	CAT	2	6	11108	11113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783932
159	NC_015853	GCC	2	6	11115	11120	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783932
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162	NC_015853	CGA	2	6	11192	11197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783932
163	NC_015853	TGT	2	6	11234	11239	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783932
164	NC_015853	AGC	3	9	11351	11359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783932
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167	NC_015853	AAAG	2	8	11458	11465	75 %	0 %	25 %	0 %	340783933
168	NC_015853	CGG	2	6	11502	11507	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783933
169	NC_015853	GTGG	2	8	11518	11525	0 %	25 %	75 %	0 %	340783933
170	NC_015853	GCA	2	6	11532	11537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783933
171	NC_015853	AAGCCG	2	12	11546	11557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783933
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173	NC_015853	CAA	2	6	11724	11729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783934
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.